Linux

本来是紧张的写本子时节，其实也是，不过看的头大了，图也不想改了…但是时间越来越少了…那还写啥Blog…滚回去改本子… 但是，Nextcloud成为日常最高频的软件了，已经很久很久没有更新了，还是21版本，现在都23了，所以还是需要升级换代了，今天周六，不打羽毛球了，就把这个时间利用起来更新下nextcloud…开始挖坑和填坑之旅~~ 仍然是以前的docker-compose进行升级 首先我直接从21升级到23版本，完全不行，跳版本更新是禁止的，需要重新修改php文件，我懒，就升级2次…其实就是不会…不学…不练…(后面升级发现最好先把config文件清空，再补充，不然也会出错) #更新源 sudo nano /etc/docker/daemon.json #新建文件输入下面内容 { "registry-mirrors":[ "http://hub-mirror.c.163.com", "https://docker.mirrors.ustc.edu.cn" ] } sudo systemctl daemon-reload #重载 sudo systemctl restart docker #重启 #升级容器的程序 不修改yml文件 sudo docker ps -a sudo docker-compose stop sudo docker rm 容器ID sudo docker-compose pull #修改yml文件版本到最新，或者默认就是最新的，作者修改了源：ghcr.

新年到了，元旦的时候做了数据的备份，同时Blog也全新升级了版本，便于维护，折腾了2天吧~ 去年新生来了后，全面推进实验室信息化建设，Nextcloud网盘已经成为主流，不仅用于数据备份、在线协助，而且对于qPCR、照胶电脑的数据实现了网上共享，同时打印机电脑也实现了无U盘打印…数据方面已经初步完成了上网。 Onenote等office365系列也被新生认同，协同处理的流程越来越熟练~ 唯一的遗憾在于建立了labwiki，但是很多实验室内部的资料不太想共享到公共网络中，简单设置了网页加密，但是基本就是皇帝的新装，不实用，所以仍在思考解决方案，局域网肯定是最佳的，但是实验室几个房间隔的太远，校园网、电信和移动网络都有，很难实现网线直连、交换机之间交流，或者是我这个假IT的能力不够…之前一直听说Zerotier神器，前几天又看见知乎推荐了这个VLAN工具，忍不住试了试，居然完美解决了我的问题，实现了异地异网的局域网构建，从而将服务器的Wiki网页只对局域网成员公开，实现了内部数据的共享和协助，同时提高了网盘的下载速度，因此在这里记录下相关流程，参考了很多资料，就不一一引用了= =！ Zerotier官网注册 进入官网直接走流程注册即可，我用的google账号，得到Network ID，即建立了自己的局域网，并且拥有了管理界面，基于免费的公共通道。不过我选择私有，每个加入的电脑都需要手动确认，作为实验室内部的局域网，这个肯定是有必要的。 Windows和Linux安装app登陆 Linux If you’re willing to rely on SSL to authenticate the site, a one line install can be done with: curl -s https://install.

今天在写一篇审稿意见的最终回复，突然想起去看下之前别人给我的最终意见，打开了最近发表的scRNA文章的意见，突然发现Reviewer 3的最终意见之前竟然被我忽略了，提交后就等着接收消息，完全没有再去看专家的回复意见@@ 不看不知道，看了之后突然又有了那种被击中内心的体验： “Well done. I am sure this paper will be an important reference both for avian as well as for comparative studies of the vertebrate pituitary gland. I would be glad to read a follow up study that fills up the missing data on the GH cells.

家鸡垂体单细胞的文章几个月前就接收发表了，经历了差不多一年的时间吧，一共有4个审稿人，不过中途两位退出，最终在一位超级友善而严格的审稿人的帮助下，在实验室处于困境下总算得以见刊，也算了却了一桩大事，从湿实验到干实验，算是一次转行，码了上千行的代码，不算是白费~精简代码是以后要改进的主要地方了。 论文撰写的时候就一直想把数据以一种交互式网页的方式展示，shiny app超级合适我这种新手，毕竟我是不会做网页UI的生物研究人员= =！但是又没有时间去构建好看和好用的界面，最终放弃在正文里面添加链接呈现数据，非常遗憾，不过这个交互式网页一直在实验室内部共享的，文章见刊了，也就可以正式的online公开了，拖了很近，假期结束前还是把网页界面稍微调整了下，删除了密码验证，打开就可以直观的展示这篇单细胞文章的数据，当然，仅仅是最基础的通过基因名查看基因分布，对于不会码代码的同学来说，还是很省事的，毕竟单基因分布的图片直接导出就可以达到发表要求了… 网站链接如下：http://scrna.avianscu.com/pit/，https的链接始终有问题，所以最好就是http打开了，nginx反代始终达不到预期效果，穿透frp实现https对现在的我来说还是很难的= =！ 没图没真相，放一张预览图哈：

单细胞的文章还在返修ing，但是杂志已经连续发邮件催促提交原始数据的索引号，之前计划上传到GEO和NCBI的SRA数据库中，但是突然一想，国内应该已经有类似的生物信息数据中心了吧，一番搜索，发现国家生物信息中心的存在，而且确实可以上传数据并用于文章发表，但是第一次使用，肯定要踩坑，所以呢，记录一下完整的数据上传过程，以后也会经常用到的@@ 原始数据整理 National Genomics Data Center (NGDC)支持中文，所以很多地方对于本土用户还是非常方便的，不过对国外的研究人员，可能就不是那么友好了…或许以后这样的情况会越来越多呢… 我是单细胞的数据，就只上传原始Raw Data数据就好了，计算好的表达矩阵就不提交了（其实是没有办法在这里提交，GEO倒是很方便的），数据按照数据中心要求打包为fastq.gz格式，修改好名字，提前记录好MD5值。 md5sum <path to file> #linux里面很简单很迅速就可以得到文件的MD5值了 CertUtil -hashfile <path to file> MD5 #Windows里面可以在powershell里面简单查询，速度较慢 新建BioProject 按照网站要求，首先建立新的BioProject，按照要求填写即可，so easy。 新建GSA编号 按照要求，需要准备2个excel表格，录入数据相关信息，按照说明来即可。 踩坑记录： 1、GSA_Template.cn.xlsx里面有BioSample name的选项，之前以为是S1,S2这种按顺序即可，结果是输入之前BioProject里面录入的样品名称，导致耽误了一天，一直以为需要等待之前录入的BioSample编号被系统承认@@！！后面发现不对劲，修改为样品名称而不是样品编号，顺利通过…

Nextcloud已经在新的腾讯云服务器安装使用了，加上手机客户端，高带宽的私人网盘确实很赞，但是50G的总空间还是不行的，毕竟也是拥有私人服务器的人，弄个frp穿透就搞定了… 理论上确实很简单，但是实际操作中问题就来了，准备供实验室多用户使用，数据库最好换MySQL，但是，我不会啊…所以感觉学习了下，2天就没了…不过也学到了docker-compose的用法，挺好的，之前更新的时候就是没学会，现在算是明白了这个的好处，一次设置，终身方便，尤其是更新的时候！ 具体流程方法如下： 安装docker-compose和nextcloud及mariadb镜像 apt install docker-compose docker pull wonderfall/nextcloud #体积更小的nextcloud docker pull mariadb 创建docker-compose文件并运行 我会将nextcloud的数据放到大硬盘，所以在外挂硬盘而不是系统盘里面新建了nextcloud文件夹，在该文件夹里面新建docker-compose.yml文件，输入设置内容： version: '3' services: nextcloud: image: wonderfall/nextcloud container_name: nextcloud_web depends_on: - nextcloud-db # If using MySQL environment: - UID=1000 - GID=1000 - UPLOAD_MAX_SIZE=10G - APC_SHM_SIZE=128M - OPCACHE_MEM_SIZE=128 - MEMORY_LIMIT=5120M - CRON_MEMORY_LIMIT=5120M - CRON_PERIOD=15m - TZ=Aisa/Shanghai - ADMIN_USER=你的管理员用户名 - ADMIN_PASSWORD=管理员用户名密码 - DOMAIN=localhost - DB_TYPE=mysql - DB_NAME=nextcloud - DB_USER=nextcloud - DB_PASSWORD=数据库密码 - DB_HOST=nextcloud-db volumes: - /你的目录/nextcloud/data:/data - /你的目录/nextcloud/config:/config - /你的目录/nextcloud/apps:/apps2 - /你的目录/nextcloud/themes:/nextcloud/themes #将Docker里面的文件映射到硬盘空间，config映射出来后修改参数非常方便 ports: - 0.

头一天还在开开心心的折腾新服务器，到了周一，下午，一切的一切的就猝不及防的改变了，一直都是在保护中成长，突然那颗大树不在了，暴露于风吹雨打中，同龄的伙伴都已经经历过历练，也取得了收获，虽然我也逐渐在成长，但是那保护的大手永远立在了头顶，总是让你走走停停，想着总会有人顶在前面，慢慢的学习成长也不是不好，可是，总会有独立去面对难题的那一天，虽然一直期待着，但是当它来临的时候，却是那么的难受，每天都会望着空荡荡的办公桌椅，回忆起最后的话语，恨不得再多挨点批评，或者，再多一点耐心地沟通，而不是匆忙地完成任务就走开，虽然有好的希望，但是还需要时间，漫长的等待，总得有些改变。 或许，到了该改变的时候了，30+了，总得为自己想好退路，最后的一个三年，真的到了离开的时候，再后悔也没有用吧，相信自己的直觉和判断，做该做的事情，做对自己最有利的事情，赶紧站稳脚跟，不要再依靠别人的保护，是时候站出来去争取自己的利益了，毕竟，自己是那个有能力去改变自己的人，也是有能力去实现诺言的人，虽然前路艰辛，但是，谁又不是这样变成强大的呢？ 少些犹豫，少些怜悯，只有自己强大了，才能更好地呵护他人~~ Just do it！

一年一度的双十一又来了，不一样的2020，但我还是没有什么要买的，除了云服务器，每年的双十一都是最优惠的时候，疫情期间初次替RQ付款购买了阿里云的服务器，结果我和老婆的都不能再购新，居然被认作老用户，试了很多方法都不行，果断被劝退，三年2核4G3M的服务器，原价我是怎么也买不起的了，阿里不给我机会，那我自然去腾讯，竞争对客户的最大好处就是，你不希望被我撸羊毛，那我就去其他家，数据积累到三年后，腾讯云价格再贵，我也会续费，阿里云错过了就是错过了，以后也不会给实验室的人推荐阿里云，谁让曾经被伤过心呢…不知道在个人blog里面吐槽这些好不好，管他呢，反正又没人看的@@ 下面是简单的记录下云平台的尝鲜记录和高带宽的nextcloud安装记录 腾讯云 腾讯云居然不是默认密钥登陆ssh的，所以在控制面板那里人为添加密钥，同时将我常用的端口开放，这些都是基本操作，哦，我一气之下买的是2核4G5M三年的服务器，￥1348，3M的是700左右，带宽啊带宽，国内就是这么贵！ 然后就没有什么坑了，毕竟云服务器现在已经很成熟了…不会就google~ Nextcloud 不得不说，5M带宽的唯一目的就是这个私人云盘了，够快~而且50G的空间也足够实验室使用了~~ 软件虽然方便，但是各种配置还是很麻烦的，所以呢，Docker来啦~懒人的选择= =！ 安装Docker apt install docker.io 安装Nextclouddocker docker pull nextcloud 从官网下载肯定很忙，云平台都有镜像下载，安装Docker后设置镜像源下载 vim /etc/default/docker DOCKER_OPTS="--registry-mirror=https://mirror.ccs.tencentyun.com" sudo service docker restart 在服务器对应端口（这里是1314）新建nextcloud服务 docker run --name nextcloud -p 1314:80 -v ~/nextcloud/data/:/var/www/html/data -v ~/nextcloud/apps/:/var/www/html/apps -d nextcloud

换了家里的电脑登陆git始终遇到ssh登陆错误，使用密钥登陆不能正常通过，又不想申请新的密钥（虽然最后是这么办的，之前的密钥需要密码确认，嫌麻烦，这次就取消密码了），花了不少时间，走了冤枉路，所以每次的坑都会记录下来，我才是不是那个经常踩坑的人呢~~ 提出问题：如何在新电脑添加已存在的密钥并且让git使用它正常连接到github 1.添加已有的id_sra到ssh-agent 使用github给开源项目添加ssh后需要在本地将私钥添加到ssh-agent，通常网上给出的方法是在git bash界面中输入： ssh-add 私匙文件路径 然而，在windows下通常会报错： Could not open a connection to your authentication agent 解决方法： 打开git Bash命令行,依次执行 1.exec ssh-agent bash 2.eval ssh-agent -s 3.ssh-add "XXX\.ssh\id_rsa_github" **引号中的路径就是你私钥文件的路径 但是，在Windows下，ssh-agent 进程将继续运行，直到您注销、关闭计算机或终止该进程。 重启Windows后，如果按照第一步中的方法进行设置，可能每次打开Git Bash，需要手动添加私钥到ssh-agent。所以为了使我们每一次打开Git Bash时自动启动ssh-agent，进行如下设置：

等着吃午饭是最幸福的(丈母娘来了)，不干活了就打开折腾下新安装的3700X电脑，装了两个月，都没有时间用，VScode倒是早就装好了，可以当个记事本用（就是这么全能），blog在OneDrive里面，直接打开文件夹就同步，尴尬的发现没有git，刚好上次更新blog的时候发现了scoop在windows里面炒鸡好用，所以感觉可以再操作熟悉一遍，流水账来啦： Scoop安装–强大的Windows命令行包管理工具 打开 PowerShell，建议管理员权限打开 设置用户安装路径 $env:SCOOP='D:\Scoop' [Environment]::SetEnvironmentVariable('SCOOP', $env:SCOOP, 'User') 设置允许 PowerShell 执行本地脚本 Set-ExecutionPolicy -ExecutionPolicy RemoteSigned -Scope CurrentUser 安装scoop iwr -useb get.scoop.sh | iex #大概率会遇到失败 #修改hosts吧，少年~ C:\Windows\System32\drivers\etc #添加到最后 199.