R Markdown

为什么要在R中进行ID转换 在转录组数据或者其他分析中，好吧，其实是因为我做的物种是家鸡，根本就没有人和鼠那样有着非常完善和时刻更新的数据库做为支持，我经常会遇见GeneID转换，同源基因转换的问题，之前一直利用Ensembl主页里面的biomart进行数据下载，然后在excel里面利用vlookup进行操作，哎，费时费力，而且不能高度自动化和重复化~~（传统湿实验室人员的基本操作思维）~~，现在已经开始将大部分操作都在R里面进行了，刚好学习了biomaRt包可以完美替代之前的操作流程，下面就是相关笔记及备注： 好吧，这是第一篇Rmd笔记，Rmarkdown真的超级好用啊！ 安装所需的软件包 下面的R包也包括Y叔的clusterProfiler了，里面也有ID转换的板块，也是非常实用的，一并汇总了。 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("biomaRt") biomaRt示例 首先还是推荐看官方文档，没有什么攻略比官方文档更靠谱了，除非懒~ library("biomaRt") library(org.Gg.eg.db) library(org.Hs.eg.db) library(clusterProfiler) library(DOSE) # 查看Marts库 listMarts(host="asia.ensembl.org") ## biomart version ## 1 ENSEMBL_MART_ENSEMBL Ensembl Genes 101 ## 2 ENSEMBL_MART_MOUSE Mouse strains 101 ## 3 ENSEMBL_MART_SNP Ensembl Variation 101 ## 4 ENSEMBL_MART_FUNCGEN Ensembl Regulation 101 一步到位代码 选择所需的数据库代码，我需要的是人和家鸡的数据库，直接定义到dataset即可，有时网速很慢，添加了对应地区的host。

使用 Blogdown+Hugo+Github+Github Actions博客 之前使用Hexo建了个人主页，但是速度越来越慢，而且部署比较繁琐，最近学习R相关知识，发现Rmarkdown、Bookdown和Blogdown全家桶超级好用，所以与时俱进也升级了方案。 Blogdown可以非常方便的使用Hugo进行操作，尤其是Rstudio高度集成，非常方便。 Hugo就不多说了，神器。 Github也不解释，之前Hexo也是利用的Github pages作为个人主页，现在加上可以实现自动部署的Github Actions则更加方便。 整体流程建立后非常方便进行更新，速度也很快，所以非常推荐，下面简单记录下关键步骤。 一、建立Github Pages 本流程一共需要在Github账号里建立两个Repository，第一个是用于发布页面的仓库名必须为 [你的用户名].github.io，使用 master 分支，也是用于Github Pages的Repository，可以自定义域名，为了这个自定义域名可以用于Github系列网站，也就没有采用Blogdown的推荐流程。 二、建立Hugo文章仓库 为了实现自动部署，我们还需要建立一个命名随便（如MyBlog）的Repository用于储存Blog的原始文档，之后利用Github Actions自动部署推送到XXX.github.io中进行发布。 三、部署Github Actions 脚本 基本知识随便google就有了，利用别人的轮子，编辑yml文件，编写自己的workflow。 name: CI #自动化的名称 on: push: # push的时候触发 branches: # 那些分支需要触发 - master jobs: build: runs-on: ubuntu-latest # 镜像市场 steps: - name: checkout # 步骤的名称 uses: actions/checkout@v1 #软件市场的名称 with: # 参数 submodules: true - name: Setup Hugo uses: peaceiris/actions-hugo@v2.

查看已安装的库 conda list 安装和更新 conda install XXX conda update XXX conda update --all #更新所有库 conda update conda #更新conda conda updata anaconda #更新anaconda 环境相关 conda config --add channels conda-forge conda config --add channels bioconda conda create -n salmon salmon #创建环境 conda activate salmon #激活环境 conda deactivate #退出环境 #conda remove -n salmon #删除环境，不要乱删 conda env list #显示所有环境 清理软件

How to use R in VScode 安装R和VScode 额，打开Google，搜索官网，自己安装即可。不会？Alt + F4，再见！ 相关插件安装及设置 打开安装好的R程序，安装languageserver包，实现 R 和 编辑器的同步。 install.packages("languageserver") 打开安装好的VScode程序，插件里面搜索并安装R LSP Client和R插件，很简单的；然后设置R在VScode中的路径，打开设置界面，在搜索框中输入 r.lsp，找到你电脑操作系统所对应的设置 ( Linux 系统选择 Rterm: Linux，Windows 系统则选择 Rterm: Windows)，然后在编辑栏中输入你的 R 可执行文件位置（如果是默认安装的 R 3.

R Markdown This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see http://rmarkdown.