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单细胞的文章还在返修ing，但是杂志已经连续发邮件催促提交原始数据的索引号，之前计划上传到GEO和NCBI的SRA数据库中，但是突然一想，国内应该已经有类似的生物信息数据中心了吧，一番搜索，发现国家生物信息中心的存在，而且确实可以上传数据并用于文章发表，但是第一次使用，肯定要踩坑，所以呢，记录一下完整的数据上传过程，以后也会经常用到的@@ 原始数据整理 National Genomics Data Center (NGDC)支持中文，所以很多地方对于本土用户还是非常方便的，不过对国外的研究人员，可能就不是那么友好了…或许以后这样的情况会越来越多呢… 我是单细胞的数据，就只上传原始Raw Data数据就好了，计算好的表达矩阵就不提交了（其实是没有办法在这里提交，GEO倒是很方便的），数据按照数据中心要求打包为fastq.gz格式，修改好名字，提前记录好MD5值。 md5sum <path to file> #linux里面很简单很迅速就可以得到文件的MD5值了 CertUtil -hashfile <path to file> MD5 #Windows里面可以在powershell里面简单查询，速度较慢 新建BioProject 按照网站要求，首先建立新的BioProject，按照要求填写即可，so easy。 新建GSA编号 按照要求，需要准备2个excel表格，录入数据相关信息，按照说明来即可。 踩坑记录： 1、GSA_Template.cn.xlsx里面有BioSample name的选项，之前以为是S1,S2这种按顺序即可，结果是输入之前BioProject里面录入的样品名称，导致耽误了一天，一直以为需要等待之前录入的BioSample编号被系统承认@@！！后面发现不对劲，修改为样品名称而不是样品编号，顺利通过…

头一天还在开开心心的折腾新服务器，到了周一，下午，一切的一切的就猝不及防的改变了，一直都是在保护中成长，突然那颗大树不在了，暴露于风吹雨打中，同龄的伙伴都已经经历过历练，也取得了收获，虽然我也逐渐在成长，但是那保护的大手永远立在了头顶，总是让你走走停停，想着总会有人顶在前面，慢慢的学习成长也不是不好，可是，总会有独立去面对难题的那一天，虽然一直期待着，但是当它来临的时候，却是那么的难受，每天都会望着空荡荡的办公桌椅，回忆起最后的话语，恨不得再多挨点批评，或者，再多一点耐心地沟通，而不是匆忙地完成任务就走开，虽然有好的希望，但是还需要时间，漫长的等待，总得有些改变。 或许，到了该改变的时候了，30+了，总得为自己想好退路，最后的一个三年，真的到了离开的时候，再后悔也没有用吧，相信自己的直觉和判断，做该做的事情，做对自己最有利的事情，赶紧站稳脚跟，不要再依靠别人的保护，是时候站出来去争取自己的利益了，毕竟，自己是那个有能力去改变自己的人，也是有能力去实现诺言的人，虽然前路艰辛，但是，谁又不是这样变成强大的呢？ 少些犹豫，少些怜悯，只有自己强大了，才能更好地呵护他人~~ Just do it！

一年一度的双十一又来了，不一样的2020，但我还是没有什么要买的，除了云服务器，每年的双十一都是最优惠的时候，疫情期间初次替RQ付款购买了阿里云的服务器，结果我和老婆的都不能再购新，居然被认作老用户，试了很多方法都不行，果断被劝退，三年2核4G3M的服务器，原价我是怎么也买不起的了，阿里不给我机会，那我自然去腾讯，竞争对客户的最大好处就是，你不希望被我撸羊毛，那我就去其他家，数据积累到三年后，腾讯云价格再贵，我也会续费，阿里云错过了就是错过了，以后也不会给实验室的人推荐阿里云，谁让曾经被伤过心呢…不知道在个人blog里面吐槽这些好不好，管他呢，反正又没人看的@@ 下面是简单的记录下云平台的尝鲜记录和高带宽的nextcloud安装记录 腾讯云 腾讯云居然不是默认密钥登陆ssh的，所以在控制面板那里人为添加密钥，同时将我常用的端口开放，这些都是基本操作，哦，我一气之下买的是2核4G5M三年的服务器，￥1348，3M的是700左右，带宽啊带宽，国内就是这么贵！ 然后就没有什么坑了，毕竟云服务器现在已经很成熟了…不会就google~ Nextcloud 不得不说，5M带宽的唯一目的就是这个私人云盘了，够快~而且50G的空间也足够实验室使用了~~ 软件虽然方便，但是各种配置还是很麻烦的，所以呢，Docker来啦~懒人的选择= =！ 安装Docker apt install docker.io 安装Nextclouddocker docker pull nextcloud 从官网下载肯定很忙，云平台都有镜像下载，安装Docker后设置镜像源下载 vim /etc/default/docker DOCKER_OPTS="--registry-mirror=https://mirror.ccs.tencentyun.com" sudo service docker restart 在服务器对应端口（这里是1314）新建nextcloud服务 docker run --name nextcloud -p 1314:80 -v ~/nextcloud/data/:/var/www/html/data -v ~/nextcloud/apps/:/var/www/html/apps -d nextcloud

换了家里的电脑登陆git始终遇到ssh登陆错误，使用密钥登陆不能正常通过，又不想申请新的密钥（虽然最后是这么办的，之前的密钥需要密码确认，嫌麻烦，这次就取消密码了），花了不少时间，走了冤枉路，所以每次的坑都会记录下来，我才是不是那个经常踩坑的人呢~~ 提出问题：如何在新电脑添加已存在的密钥并且让git使用它正常连接到github 1.添加已有的id_sra到ssh-agent 使用github给开源项目添加ssh后需要在本地将私钥添加到ssh-agent，通常网上给出的方法是在git bash界面中输入： ssh-add 私匙文件路径 然而，在windows下通常会报错： Could not open a connection to your authentication agent 解决方法： 打开git Bash命令行,依次执行 1.exec ssh-agent bash 2.eval ssh-agent -s 3.ssh-add "XXX\.ssh\id_rsa_github" **引号中的路径就是你私钥文件的路径 但是，在Windows下，ssh-agent 进程将继续运行，直到您注销、关闭计算机或终止该进程。 重启Windows后，如果按照第一步中的方法进行设置，可能每次打开Git Bash，需要手动添加私钥到ssh-agent。所以为了使我们每一次打开Git Bash时自动启动ssh-agent，进行如下设置：

等着吃午饭是最幸福的(丈母娘来了)，不干活了就打开折腾下新安装的3700X电脑，装了两个月，都没有时间用，VScode倒是早就装好了，可以当个记事本用（就是这么全能），blog在OneDrive里面，直接打开文件夹就同步，尴尬的发现没有git，刚好上次更新blog的时候发现了scoop在windows里面炒鸡好用，所以感觉可以再操作熟悉一遍，流水账来啦： Scoop安装–强大的Windows命令行包管理工具 打开 PowerShell，建议管理员权限打开 设置用户安装路径 $env:SCOOP='D:\Scoop' [Environment]::SetEnvironmentVariable('SCOOP', $env:SCOOP, 'User') 设置允许 PowerShell 执行本地脚本 Set-ExecutionPolicy -ExecutionPolicy RemoteSigned -Scope CurrentUser 安装scoop iwr -useb get.scoop.sh | iex #大概率会遇到失败 #修改hosts吧，少年~ C:\Windows\System32\drivers\etc #添加到最后 199.

这段时间做的工作慢慢地变成了一篇篇的文章，项目也在努力的申请和完成，即使学院主页上仍然没有我的名字，不过呢，我的个人主页则是早早的就建好了，但是一直缺少一份正式的CV，说不定哪天就会用到呢@@ 鉴于最近超级迷恋R系列的XXXXdown，Pagedown又推荐用于制作CV，空暇之余变启动了个人CV之旅，也简单记录下整个过程。 安装Pagedown remotes::install_github('rstudio/pagedown') pagedown::html_resume 抄… 呃，从GitHub抄…（读书人的事情怎么能叫抄，借鉴借鉴） 借鉴于数据从csv导入的思路，参考 https://github.com/nstrayer/cv 和 https://github.com/GuangchuangYu/cv 的格式进行微调（下载文件改啊改），自己做的最大的改进在于第二页起就没有右边的侧边栏了，使得整体简洁大方了不少，虽然少了Y叔那里酷炫的google schoolar引用数据，等哪天和他一样牛的时候我再加上，哈哈，鬼知道有么有那天呢…哦，去掉侧边栏参考了 https://community.rstudio.com/t/pagedown-html-resume-with-aside-on-first-page-only/46351 里面的建议，css里面加一段代码就ok了： .pagedjs_page:not(:first-of-type) { --sidebar-width: 0rem; --sidebar-background-color: #ffffff; --main-width: calc(var(--content-width) - var(--sidebar-width)); --decorator-horizontal-margin: 0.2in; } 然后呢，先跑一下代码，整齐的CV就出来了，接着就是修改原始录入数据和调整相关信息，字体格式行距位置都是高端玩家的东西，我就不需要再去折腾了（菜就是原罪）…还不如写一写跳坑的东东…

新添了阿里云服务器，超级推荐云翼计划，学生能享受的优惠真的很赞，可惜我没有机会了，只有等双11的活动了，点击链接进去即可选购~~ 主要是为了解决frp走国外服务器的延迟问题，同时为实验室数据分享网址的建立练手，当然以后肯定还会有很多购新的事件，因此这里记录下相关代码和备注事项，方便以后的操作： SSH登陆 垃圾阿里云，操作复杂，事项繁多，比Vutlr的界面复杂太多了，不过安全性上面确实可能要高一些，新手直接劝退吧，不过新手也不会上来就买CES，或者买来就是练手的，我就是新手，差点被劝退了~~~ 首先重置密码，即设置新密码，为什么不能随机给个默认的，要这么麻烦，吐槽+1…… 然后在安全组界面添加密钥，默认只能通过密钥登陆，安全性提高，然后记得重启CES，随便啥远程登陆进去~再次前排推荐Visual Studio Code！！！ 虚拟内存 由于开启swap分区会导致硬盘IO性能下降，因此阿里云服务器初始状态未配置swap，如果某些应用需要开启swap分区，自己设置即可。小鸡的烦恼，土豪随意 sudo dd if=/dev/zero of=swapfile bs=1024 count=2048000 sudo mkswap -f swapfile chmod 0600 swapfile sudo swapon swapfile sudo cp /etc/fstab /etc/fstab.bak echo '/swapfile none swap sw 0 0' | sudo tee -a /etc/fstab #学到么？下面还有类似操作喔~ shutdown -r now #重启看下free R, Shiny and Rstudio R install sudo apt-key adv --keyserver keyserver.

预期准备再入一个阿里云的CES做在线服务器，虽然买一个新的高性能服务器可能更理想，但是想着懒得维护另外一台服务器了，不如现在开始利用云服务，说不定以后有钱了在云上玩高性能服务器呢~~ 下面就记录Rstudio server相关信息，持续更新~~ 总的来说，信息是不断进步的，在随时关注官网等资源的同时，自己记录一些基本的操作，省去google的时间也是极好的，note就该发挥自己的作用~~ 基本代码 #查看是否安装正确 sudo rstudio-server verify-installation ## 启动 sudo rstudio-server start ## 查看状态 sudo rstudio-server status ## 停止 sudo rstudio-server stop ## 重启 sudo rstudio-server restart ## 查看服务端ip地址 ifconfig 卸载软件 # 安装的信息还是直接去官网安装最新版本 sudo apt-get autoremove --purge rstudio-server 添加用户 # 添加用户的命令是linux中的命令 # 添加用户组 sudo groupadd student # 添加用户wdmd 在指定的组Rstudiosrv内 sudo useradd zjn -g student; # 设置该用户的密码 sudo passwd zjn # 增加用户到sudo组 sudo adduser zjn sudo # 创建hadoop用户的home目录 sudo mkdir /home/zjn # 给/home/zjn目录及子目录，设置用户权限 sudo chown -R zjn:student /home/zjn # 删除用户和组 sudo userdel zjn sudo groupdel Rstudiosrv # 显示用户信息 id user cat /etc/passwd 修改端口 and 防火墙，写下来就不用翻onenote或者google了，都在自己的note里面。 # 给 RStudio 分配访问端口 echo "www-port=8181" | sudo tee -a /etc/rstudio/rserver.

现在数据展示越来越离不开VPS/CES了，但是买的服务一般都是1G内存的（大写的穷），所以一般买了VPS习惯性的会增加虚拟内存，记下免得每次都去google。 创建虚拟映像文件： sudo swapon --show #查看SWAP分区 sudo dd if=/dev/zero of=swapfile bs=1024 count=1024000 虚拟内存大小一般接近物理内存就可以了。 将虚拟映像文件转换成swap文件： sudo mkswap -f swapfile chmod 0600 swapfile 激活 swap： sudo swapon swapfile 然后输入free查看内存信息，就可以发现虚拟内存已经启用。