RNA-seq

新添了阿里云服务器，超级推荐云翼计划，学生能享受的优惠真的很赞，可惜我没有机会了，只有等双11的活动了，点击链接进去即可选购~~ 主要是为了解决frp走国外服务器的延迟问题，同时为实验室数据分享网址的建立练手，当然以后肯定还会有很多购新的事件，因此这里记录下相关代码和备注事项，方便以后的操作： SSH登陆 垃圾阿里云，操作复杂，事项繁多，比Vutlr的界面复杂太多了，不过安全性上面确实可能要高一些，新手直接劝退吧，不过新手也不会上来就买CES，或者买来就是练手的，我就是新手，差点被劝退了~~~ 首先重置密码，即设置新密码，为什么不能随机给个默认的，要这么麻烦，吐槽+1…… 然后在安全组界面添加密钥，默认只能通过密钥登陆，安全性提高，然后记得重启CES，随便啥远程登陆进去~再次前排推荐Visual Studio Code！！！ 虚拟内存 由于开启swap分区会导致硬盘IO性能下降，因此阿里云服务器初始状态未配置swap，如果某些应用需要开启swap分区，自己设置即可。小鸡的烦恼，土豪随意 sudo dd if=/dev/zero of=swapfile bs=1024 count=2048000 sudo mkswap -f swapfile chmod 0600 swapfile sudo swapon swapfile sudo cp /etc/fstab /etc/fstab.bak echo '/swapfile none swap sw 0 0' | sudo tee -a /etc/fstab #学到么？下面还有类似操作喔~ shutdown -r now #重启看下free R, Shiny and Rstudio R install sudo apt-key adv --keyserver keyserver.

为什么要在R中进行ID转换 在转录组数据或者其他分析中，好吧，其实是因为我做的物种是家鸡，根本就没有人和鼠那样有着非常完善和时刻更新的数据库做为支持，我经常会遇见GeneID转换，同源基因转换的问题，之前一直利用Ensembl主页里面的biomart进行数据下载，然后在excel里面利用vlookup进行操作，哎，费时费力，而且不能高度自动化和重复化~~（传统湿实验室人员的基本操作思维）~~，现在已经开始将大部分操作都在R里面进行了，刚好学习了biomaRt包可以完美替代之前的操作流程，下面就是相关笔记及备注： 好吧，这是第一篇Rmd笔记，Rmarkdown真的超级好用啊！ 安装所需的软件包 下面的R包也包括Y叔的clusterProfiler了，里面也有ID转换的板块，也是非常实用的，一并汇总了。 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("biomaRt") biomaRt示例 首先还是推荐看官方文档，没有什么攻略比官方文档更靠谱了，除非懒~ library("biomaRt") library(org.Gg.eg.db) library(org.Hs.eg.db) library(clusterProfiler) library(DOSE) # 查看Marts库 listMarts(host="asia.ensembl.org") ## biomart version ## 1 ENSEMBL_MART_ENSEMBL Ensembl Genes 101 ## 2 ENSEMBL_MART_MOUSE Mouse strains 101 ## 3 ENSEMBL_MART_SNP Ensembl Variation 101 ## 4 ENSEMBL_MART_FUNCGEN Ensembl Regulation 101 一步到位代码 选择所需的数据库代码，我需要的是人和家鸡的数据库，直接定义到dataset即可，有时网速很慢，添加了对应地区的host。